Le nom de la Koutoubia semble dériver de kutubiyyun, en référence à un souk de libraires qui existait à proximité du site de la mosquée. L’édifice religieux que l’on doit aux almohades s’élève sur le site d’un palais almoravide, Ksar El Hajar, Palais des pierres, détruit par les nouveaux maîtres de Marrakech après leur prise de la ville en 1147. Les fouilles entreprises par la Direction du patrimoine culturel en 1995-1996 nous ont révélé les structures et les murs de fondation de ce palais. L’histoire de la mosquée est pourtant complexe : elle fut construite en deux étapes, probablement par le même souverain, Abdelmoumen (1130-1163). En fait, il s’agit d’un double sanctuaire muni d’un minaret, d’abord utilisé pour la première Koutoubia, ensuite pour les deux, et dont la seconde n’étant probablement que l’extension. Après l’abandon de cette dernière, il fut utilisé pour la seconde, l’actuelle Koutoubia.

De la première, construite entre 1147 et 1157, il ne subsiste que le parterre, les bases des colonnes et une partie du mur de la qibla (direction de la Mecque). Ces vestiges ont été mis au jour par les fouilles archéologiques effectuées entre 1948 et 1952 par le service des Beaux-Arts. Il s’agit d’un monument au plan carré de 218 m de côté. Son enceinte est conçue en double mur de moellons reliés par des tronçons transversaux. Ce dispositif est flanqué de tours barlongues.

La deuxième Koutoubia fut construite sur ordre de Abdelmoumen en 1158 puisque les sources nous informent que l’on y fit la première prière du vendredi le 11 septembre de cette même année. Les raisons de le construction de ce second édifice religieux demeurent indéterminées, même si l’on a avancé des raisons démographiques ou religieuses.

D’autant plus que le plan de la deuxième Koutoubia ne diffère de celui de la première que sur quelques points de détail. On y retrouve le même nombre de travées, sept. Le plan en T formé par les nefs transversale et centrale, plus larges que les autres, est remarquable. Des coupoles ornées ponctuent les nefs transversales à raison d’une coupole toutes les trois nefs.

La cour ou sahn est d’une même faible profondeur que celle de la première Koutoubia. Elle est, cependant, un peu plus large, et munie, sur sa face nord d’une galerie en forme de triangle. Elle comprend au centre un bassin circulaire, contrairement à la première qui aurait disposé de citernes.

L’oratoire lui-même est vaste, faisant de la Koutoubia l’une des plus grandes mosquées de l’Occident musulman.

La Koutoubia a abrité le minbar, chaire à prêcher, connu sous le même nom et récemment restauré et exposé au palais Badiâ. Ce minbar, chef-d’œuvre de l’art islamique, a été exécuté à Cordoue sur l’ordre du sultan almoravide Ali Ben Youssef (1106-1143). Il fut transféré dans sa mosquée à Marrakech. Les Almohades le mirent à la Koutoubia dans laquelle il fonctionna jusqu’aux années 1960.

Outre cette merveille artistique, la Koutoubia a révélé une maqsura (clôture protectrice du Calife) fonctionnant selon un système mécanique de glissières. Ses vestiges ont été exhumés lors des fouilles de la première Koutoubia.

Enfin, le minaret est à lui seul l’un des merveilleux monuments de l’Islam. Erigé en pierre de taille, il comporte, à l’intérieur, non pas un escalier, mais une rampe qui permet d’accéder à des salles couvertes de coupoles ainsi qu’à son sommet. Sa hauteur est de 77 m. Il comporte des registres décoratifs sur les façades supérieures faits de carreaux de céramique verte et blanche.