En 1564-65, le sultan saâdien Abdellah Al Ghalib acheva de construire l'une des plus somptueuses médersas du Maroc. En effet, alors qu'auparavant, certains auteurs ont attribué son édification aux Mérinides, actuellement, son attribution aux Saâdiens ne souffre plus d’aucun doute, surtout en présence de six inscriptions qui la corroborent. La plus représentative de ces inscriptions est celle qu'arbore le linteau en bois au-dessus de la porte d'entrée. Traduite, elle rapporte ce qui suit :

 " J'ai été édifié pour la science et la prière par le prince des croyants, le descendant du sceau des prophètes Abdellah, le glorieux des créatures. Prie pour lui, ô toi qui franchis ma porte, afin que ses espérances les plus hautes soient réalisées."

  De sa situation géographique dans le quartier Ben Youssef, chargé d'histoire et noyau primitif de la médina de Marrakech, la médersa prend d'emblée tout son sens. Sa contiguïté de la mosquée almoravide érigée par l’almoravide Ali Ben Youssef et reprise par Al Ghalib, lui a donné le nom qu'elle porte jusqu'à nos jours. En construisant la médersa, en restaurant la mosquée almoravide et en édifiant un maristan (hôpital), ce sultan a redonné vie au quartier Ben Youssef, tombé dans l'oubli après le déclin de la dynastie almoravide.

Avec son plan, qui affecte un quadrilatère d'une superficie de 1680 m², avec ses 130 chambres, son grand patio et sa salle de prière, la médersa fut durant plus de quatre siècles un creuset  d'érudition et d'accueil pour les étudiants en soif de connaissances dans diverses sciences, notamment en théologie. Or, contrairement aux  médersa mérinides, la médersa Ben Youssef n'affiche aucune inscription pouvant nous éclairer sur ses revenus, les lois qui la régissaient et les conditions d'admission des étudiants.

En effet, d’après la fatwa d’Al Abdousi, prédicateur à Fès au XIV^ème siècle, on apprend que : "Ne peut habiter la médersa que celui qui atteint vingt ans et au dessus, qui s'adonne à l'étude de la science ou à son enseignement dans la mesure de sa compétence, qui assiste à la lecture du hizb matin et soir, et aussi au cours du professeur du Coran de cette médersa, d'une manière assidue, sauf pour cause d'empêchement légitime, tel que maladie ou autre excuse analogue justifiant son absence. Si cet étudiant a habité la médersa pendant dix ans sans que ses bonnes aptitudes ne se soient révélées, il sera expulsé d'autorité car il porte préjudice aux habous. D'autre part, celui qui habite légitimement la médersa ne peut y emmagasiner que dans la mesure de ses provisions, selon l'usage en matière de habous."

Véritable reflet de la magnificence de l'art saâdien, la médersa Ben Youssef puise sa force dans une architecture d'une grande cohérence.

Avant d'intégrer l'intérieur du bâtiment, on se retrouve au dessous d'une coupole à mouqarnas (stalactites) en plâtre de la largeur de la ruelle. Porteuse de deux inscriptions et riche en couleur, elle surmonte une superbe porte entièrement couverte de plaques de bronze ciselé. Cet ensemble luxueux prédispose déjà le visiteur au faste de l'intérieur du monument. Intérieur auquel on accède par un long couloir haut sous plafond, entrecoupé et éclairé par des puits de lumière. Une fois traversé, ce couloir débouche sur un vestibule d'où l'on peut gagner les diverses parties du bâtiment. Son côté sud est occupé par une porte en moucharabieh qui donne accès à la cour et qui s'aligne dans l'axe symétrique au mihrab.

A l'instar des autres médersa du Maroc, la médersa Ben Youssef s'articule autour d'un volume central constitué par le patio principal qu'égaye un bassin doté de deux jets d'eau en bronze. Ses deux ailes, est et ouest, sont longées de deux galeries dont les plafonds soutiennent les chambres de l'étage. La partie médiane de la façade méridionale est occupée par une grande porte, bordée de chaque côté de deux petites portes qui donnent sur la salle de prière. Celle-ci est cloisonnée en trois nefs par deux rangées de colonnes en marbre. Les deux nefs latérales offrent des placards en bois qui faisaient probablement office de bibliothèque. La nef axiale qui accueille le mihrab affiche un décor somptueux et rassemble tous les éléments qui constituent la richesse du monument : le marbre, le bois et le plâtre aux motifs polychromes.

Le mihrab, en créneau pentagonal, offre une ouverture en arc de plein cintre, soutenue par quatre colonnettes en marbre. Il est recouvert d'une coupolette à mouqarnas en plâtre.

 L'une des particularités de la médersa Ben Youssef est la présence de deux couloirs qui ceinturent la cour central et qui desservent sept courettes où s'ouvrent les cellules du rez-de-chaussée. L'une des courettes du couloir ouest est constituée de salles d'ablution qui s'articulent autour d'un bassin quadrangulaire que chapeaute une  somptueuse coupole à mouqarnas en plâtre. L'ensemble est soutenu par quatre colonnes en marbre.

L'étage est accessible au moyen de deux escaliers qui se font face et qui prennent leur départ dans le vestibule. Certes, l'étage comprend une multitude de labyrinthes et de couloirs, mais en général, il reprend le plan du rez-de-chaussée, avec l'adjonction de chambres qui donnent sur la cour. Ces chambres sont de loin les plus spacieuses et les plus confortables et quelques unes comportent des sortes de mezzanines.

La terrasse reproduit parfaitement les toitures des courettes ainsi que les ouvertures des puits de lumière et du grand patio. Elle est, en effet, constituée de dos d'âne en tuiles vertes et d'ouvertures carrées qui assurent l'aération et l'éclairage des couloirs de l'étage et du rez-de-chaussée.

La diversité de ses décors, de ses couleurs et de ses matériaux font de la  médersa Ben Youssef une œuvre architecturale originale. En effet, elle est l'effigie de tous les thèmes décoratifs de l'art marocain de l’époque.

Le bois de cèdre en provenance de l'Atlas est partout présent ; il est adopté dans les somptueuses coupoles du vestibule et de la salle de prière, dans les plafonds des couloirs et au niveau des frises et des auvents de la cour principale.

Le marbre acheminé de Carrare en Italie, a également servi à orner la médersa. Aussi, deux plaques sculptées occupent les pieds-droits de la porte de la salle de prière, auxquelles s'ajoutent quatre colonnes dans la même salle, dans le mihrab et dans la salle d'ablution.

Le plâtre, quand à lui occupe la place de prédilection dans la décoration de la médersa. En effet, de grand panneaux de plâtre sculpté couvrent les façades du patio et de la salle de prière.

Le zellig de diverses couleurs et formes géométriques et de différentes techniques habille les bas des murs et des piliers.

le sol est revêtu de marbre de carrare dans la cour principale, de dass dans la salle de prière et dans les chambres et de carreaux de zellig dans les couloirs, les escaliers et les petites courettes.

Devant une telle profusion de décors et de matériaux et loin d'une décoration minimaliste, on est frappé par l'harmonie des tonalités et la cohérence de l'architecture, qui perpétuent l'histoire de l'art marocain et qui ne laissent personne indiffèrent.